MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia psittaci WS/RT/E30 plasmid pcpWSRTE30

Total Repeats: 170

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018640	TCT	2	6	22	27	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018640	CAG	2	6	116	121	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_018640	GAA	2	6	175	180	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018640	GGT	2	6	192	197	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018640	GGT	2	6	214	219	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018640	GGT	2	6	236	241	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598937
7	NC_018640	GGT	2	6	258	263	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598937
8	NC_018640	A	7	7	277	283	100 %	0 %	0 %	0 %	406598937
9	NC_018640	CAC	3	9	345	353	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598937
10	NC_018640	ATT	2	6	362	367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598937
11	NC_018640	AGC	2	6	383	388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598937
12	NC_018640	AGAA	2	8	423	430	75 %	0 %	25 %	0 %	406598937
13	NC_018640	TAG	2	6	454	459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598937
14	NC_018640	AT	3	6	466	471	50 %	50 %	0 %	0 %	406598937
15	NC_018640	TGT	2	6	504	509	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598937
16	NC_018640	AGC	2	6	596	601	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598937
17	NC_018640	TA	3	6	606	611	50 %	50 %	0 %	0 %	406598937
18	NC_018640	TTA	2	6	649	654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598937
19	NC_018640	AG	3	6	738	743	50 %	0 %	50 %	0 %	406598937
20	NC_018640	GTT	2	6	746	751	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598937
21	NC_018640	T	6	6	753	758	0 %	100 %	0 %	0 %	406598937
22	NC_018640	A	6	6	896	901	100 %	0 %	0 %	0 %	406598937
23	NC_018640	AG	3	6	981	986	50 %	0 %	50 %	0 %	406598937
24	NC_018640	ACA	2	6	1013	1018	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598937
25	NC_018640	CAAT	2	8	1024	1031	50 %	25 %	0 %	25 %	406598937
26	NC_018640	TAT	3	9	1038	1046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598937
27	NC_018640	A	8	8	1127	1134	100 %	0 %	0 %	0 %	406598937
28	NC_018640	TCT	2	6	1176	1181	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598937
29	NC_018640	TA	3	6	1266	1271	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018640	GAT	2	6	1278	1283	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018640	T	6	6	1301	1306	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018640	ATT	2	6	1315	1320	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018640	T	7	7	1352	1358	0 %	100 %	0 %	0 %	406598938
34	NC_018640	TAG	2	6	1375	1380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598938
35	NC_018640	T	7	7	1456	1462	0 %	100 %	0 %	0 %	406598938
36	NC_018640	TG	3	6	1516	1521	0 %	50 %	50 %	0 %	406598938
37	NC_018640	TTTC	2	8	1605	1612	0 %	75 %	0 %	25 %	406598938
38	NC_018640	TAA	2	6	1657	1662	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598938
39	NC_018640	TTG	2	6	1663	1668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598938
40	NC_018640	AC	3	6	1675	1680	50 %	0 %	0 %	50 %	406598938
41	NC_018640	TGT	2	6	1736	1741	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598938
42	NC_018640	GAA	2	6	1777	1782	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598938
43	NC_018640	ATA	2	6	1837	1842	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598938
44	NC_018640	TGA	2	6	1914	1919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598938
45	NC_018640	ATT	2	6	1938	1943	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598938
46	NC_018640	TTAG	2	8	1968	1975	25 %	50 %	25 %	0 %	406598938
47	NC_018640	AT	3	6	1978	1983	50 %	50 %	0 %	0 %	406598938
48	NC_018640	TGC	2	6	1988	1993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598938
49	NC_018640	AC	3	6	2021	2026	50 %	0 %	0 %	50 %	406598938
50	NC_018640	TGT	2	6	2065	2070	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598938
51	NC_018640	TTCT	2	8	2122	2129	0 %	75 %	0 %	25 %	406598938
52	NC_018640	AGA	2	6	2177	2182	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598938
53	NC_018640	AGAA	2	8	2252	2259	75 %	0 %	25 %	0 %	406598938
54	NC_018640	GTT	2	6	2276	2281	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598938
55	NC_018640	CA	4	8	2342	2349	50 %	0 %	0 %	50 %	406598938
56	NC_018640	AAT	2	6	2389	2394	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018640	GAA	3	9	2463	2471	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598939
58	NC_018640	T	6	6	2493	2498	0 %	100 %	0 %	0 %	406598939
59	NC_018640	ATT	2	6	2518	2523	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598939
60	NC_018640	TGT	3	9	2537	2545	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598939
61	NC_018640	CAC	2	6	2562	2567	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598939
62	NC_018640	AT	3	6	2590	2595	50 %	50 %	0 %	0 %	406598939
63	NC_018640	AT	3	6	2611	2616	50 %	50 %	0 %	0 %	406598939
64	NC_018640	CAATAT	2	12	2632	2643	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406598939
65	NC_018640	AGA	2	6	2667	2672	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598939
66	NC_018640	ATC	2	6	2746	2751	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598939
67	NC_018640	GATT	2	8	3029	3036	25 %	50 %	25 %	0 %	406598939
68	NC_018640	TTC	2	6	3062	3067	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598939
69	NC_018640	ATTAT	2	10	3084	3093	40 %	60 %	0 %	0 %	406598939
70	NC_018640	TGT	2	6	3107	3112	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598939
71	NC_018640	TGC	2	6	3116	3121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598939
72	NC_018640	CAAAT	2	10	3223	3232	60 %	20 %	0 %	20 %	406598939
73	NC_018640	AG	3	6	3236	3241	50 %	0 %	50 %	0 %	406598939
74	NC_018640	CTT	2	6	3265	3270	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598939
75	NC_018640	A	6	6	3477	3482	100 %	0 %	0 %	0 %	406598939
76	NC_018640	AGA	2	6	3590	3595	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598939
77	NC_018640	TGT	2	6	3616	3621	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598939
78	NC_018640	TAT	2	6	3690	3695	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598939
79	NC_018640	TAG	2	6	3730	3735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598939
80	NC_018640	CAA	2	6	3763	3768	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598939
81	NC_018640	AAG	2	6	3811	3816	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598939
82	NC_018640	AGA	2	6	3898	3903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598940
83	NC_018640	AGC	2	6	3991	3996	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598940
84	NC_018640	CAA	2	6	4017	4022	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598940
85	NC_018640	TTAT	2	8	4048	4055	25 %	75 %	0 %	0 %	406598940
86	NC_018640	A	7	7	4141	4147	100 %	0 %	0 %	0 %	406598940
87	NC_018640	AAG	2	6	4185	4190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598940
88	NC_018640	GAA	2	6	4274	4279	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598940
89	NC_018640	TC	3	6	4302	4307	0 %	50 %	0 %	50 %	406598940
90	NC_018640	GAA	2	6	4370	4375	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598940
91	NC_018640	A	6	6	4397	4402	100 %	0 %	0 %	0 %	406598940
92	NC_018640	TCA	2	6	4413	4418	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598940
93	NC_018640	TAG	2	6	4437	4442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598940
94	NC_018640	A	8	8	4567	4574	100 %	0 %	0 %	0 %	406598940
95	NC_018640	AAATAG	2	12	4608	4619	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406598940
96	NC_018640	AT	3	6	4657	4662	50 %	50 %	0 %	0 %	406598940
97	NC_018640	A	7	7	4679	4685	100 %	0 %	0 %	0 %	406598940
98	NC_018640	AAAC	2	8	4738	4745	75 %	0 %	0 %	25 %	406598940
99	NC_018640	A	6	6	4775	4780	100 %	0 %	0 %	0 %	406598940
100	NC_018640	TATTT	2	10	4785	4794	20 %	80 %	0 %	0 %	406598940
101	NC_018640	CAA	2	6	4821	4826	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598940
102	NC_018640	CAA	2	6	4845	4850	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598940
103	NC_018640	TTG	2	6	4862	4867	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018640	A	8	8	4874	4881	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018640	TTAAA	2	10	4882	4891	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018640	CAA	2	6	5010	5015	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598941
107	NC_018640	CAG	2	6	5044	5049	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598941
108	NC_018640	CCA	2	6	5110	5115	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598941
109	NC_018640	AAG	2	6	5221	5226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598941
110	NC_018640	AAT	2	6	5237	5242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598941
111	NC_018640	A	6	6	5296	5301	100 %	0 %	0 %	0 %	406598941
112	NC_018640	TTTA	2	8	5315	5322	25 %	75 %	0 %	0 %	406598941
113	NC_018640	CTG	2	6	5413	5418	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598941
114	NC_018640	CAT	2	6	5420	5425	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598941
115	NC_018640	TCA	2	6	5508	5513	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598941
116	NC_018640	TGTT	2	8	5525	5532	0 %	75 %	25 %	0 %	406598941
117	NC_018640	ACA	2	6	5551	5556	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598941
118	NC_018640	TC	3	6	5578	5583	0 %	50 %	0 %	50 %	406598941
119	NC_018640	TGG	2	6	5591	5596	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598941
120	NC_018640	GTG	2	6	5605	5610	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598941
121	NC_018640	AT	3	6	5671	5676	50 %	50 %	0 %	0 %	406598941
122	NC_018640	ACA	2	6	5693	5698	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598941
123	NC_018640	TAA	2	6	5709	5714	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598941
124	NC_018640	TTAA	2	8	5727	5734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018640	AT	3	6	5735	5740	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018640	T	8	8	5753	5760	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018640	A	6	6	5774	5779	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018640	GA	3	6	5798	5803	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018640	ATGA	2	8	5806	5813	50 %	25 %	25 %	0 %	406598942
130	NC_018640	A	6	6	5906	5911	100 %	0 %	0 %	0 %	406598942
131	NC_018640	T	6	6	5916	5921	0 %	100 %	0 %	0 %	406598942
132	NC_018640	ACTT	2	8	5969	5976	25 %	50 %	0 %	25 %	406598942
133	NC_018640	ATA	2	6	6038	6043	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598942
134	NC_018640	A	7	7	6054	6060	100 %	0 %	0 %	0 %	406598942
135	NC_018640	GGT	2	6	6175	6180	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598943
136	NC_018640	AAC	2	6	6189	6194	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598943
137	NC_018640	GTA	2	6	6212	6217	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598943
138	NC_018640	A	7	7	6237	6243	100 %	0 %	0 %	0 %	406598943
139	NC_018640	GAT	2	6	6307	6312	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598943
140	NC_018640	AGA	2	6	6352	6357	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598943
141	NC_018640	CATA	2	8	6360	6367	50 %	25 %	0 %	25 %	406598943
142	NC_018640	AGA	2	6	6414	6419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598943
143	NC_018640	ATG	2	6	6497	6502	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598943
144	NC_018640	CCT	2	6	6520	6525	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406598943
145	NC_018640	AAG	2	6	6545	6550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598943
146	NC_018640	TG	3	6	6576	6581	0 %	50 %	50 %	0 %	406598943
147	NC_018640	CAA	2	6	6638	6643	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598943
148	NC_018640	T	6	6	6674	6679	0 %	100 %	0 %	0 %	406598943
149	NC_018640	GAAA	2	8	6691	6698	75 %	0 %	25 %	0 %	406598943
150	NC_018640	CAA	2	6	6701	6706	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598943
151	NC_018640	CAG	2	6	6786	6791	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598943
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153	NC_018640	ATC	2	6	6807	6812	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598943
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157	NC_018640	AAG	2	6	6937	6942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_018640	T	7	7	6950	6956	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_018640	TAG	2	6	7063	7068	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
160	NC_018640	GAA	2	6	7092	7097	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
161	NC_018640	TACT	2	8	7126	7133	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
162	NC_018640	ACA	2	6	7157	7162	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_018640	GA	3	6	7177	7182	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
164	NC_018640	A	6	6	7208	7213	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_018640	ACA	2	6	7230	7235	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_018640	GCCT	2	8	7315	7322	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
167	NC_018640	CCT	2	6	7479	7484	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
168	NC_018640	TCT	2	6	7491	7496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_018640	CAGA	2	8	7497	7504	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
170	NC_018640	GT	3	6	7508	7513	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.